Sedaj ste verjetno že pripravili stisnjen korenski datotečni sistem. Naslednji korak bo priprava ali izbira jedra. V večini primerov bi bilo mogoče kar prepisati vaše trenutno jedro na zagonsko disketo in zagnati sistem z nje. So pa tudi primeri, ko boste želeli pripraviti posebno jedro.
En razlog je velikost. Če pripravljate enovito zagonsko/korensko disketo, bo jedro ena izmed najdaljših datotek na tej disketi, tako ga boste morali skrajšati, kolikor je le mogoče. Njegovo dolžino zmanjšate, če ga prevedete z minimalnim naborom pripomočkov za podporo želenega sistema. To pomeni, da morate izpustiti vse, česar ne potrebujete. Mirno lahko izpustite podporo za omrežne kartice kot tudi podporo za diskovne pogone in za ostale naprave, ki jih ne potrebujete med poganjanjem vašega zagonskega/korenskega sistema. Kot je bilo omenjeno že prej, v jedru mora biti vključena podpora za pomnilniške diske in datotečni sistem ext2.
Ko ste ugotovili, kaj bi lahko predstavljalo minimalni nabor pripomočkov za vključitev v jedro, boste morali premisliti, kaj od izpuščenega vključiti nazaj. Verjetno najobičajnejša uporaba z zagonskimi/korenskimi disketami zagnanega sistema bo pregled in obnova okvarjenega korenskega datotečnega sistema na trdem disku in za kaj takega utegnete potrebovati podporo v jedru. Na primer, če so vse vaše rezervne kopije shranjene na traku, do katerega lahko dostopate s programom Ftape, potem v primeru, da izgubite dostop do korenskega datotečnega sistema in dostop do pogonov, kamor piše Ftape, ne boste mogli obnoviti rezervnih kopij. V tem primeru boste morali znova namestiti Linux, naložiti in znova namestiti ftape in potem poskušati prebrati vsebino rezervnih kopij.
Ideja je, da kakršnekoli vhodno/izhodne gonilnike ste že dodali v jedro (na trdem disku) za podporo izdelave rezervnih kopij, to isto podporo naj bi vključili tudi v jedro za zagonsko/korensko disketo.
Postopek za dejansko prevajanje jedra je opisan v dokumentaciji, ki je priložena jedru. Slediti ji je dokaj lahko, iskati jo začnite v imeniku /usr/src/linux. Če imate težave pri prevajanju jedra, se najverjetneje sploh ne bi smeli ukvarjati s pripravo zagonskih/korenskih disket. Ne pozabite stisniti jedra z ukazom ``make zImage''.